本发明公开了一种单自由度磁液双悬浮轴承双闭环控制系统及方法。该系统中,差动式位移检测模块检测磁液双悬浮轴承的转子的偏移量,并将偏移量转换为模拟量电压输出至位置控制模块;位置控制模块比较模拟量电压以及参考电压,并根据电压差值输出控制电流;差动式电流检测模块用于检测磁液双悬浮轴承的线圈电流;电流控制模块用于根据控制电流以及线圈电流,输出驱动电流;功率放大模块分别与电流控制模块以及磁液双悬浮轴承连接,用于调整驱动电流,并通过调整好后的驱动电流驱动磁液双悬浮轴承的电磁线圈。本发明采用双闭环控制系统,外环保证转子位置精度以及电磁合力与静压支承合力相等,内环保证磁液双悬浮轴承控制系统具有良好的控制电流。