本发明涉及一种六自由度波浪补偿的船用超长机械臂,其包括可补偿升降平台、并联补偿机械臂和串联机械臂,可补偿升降平台包括并联机构和转动机构,并联机构实现装置沿Z轴的移动和绕X、Y轴的转动,具有补偿功能,转动机构实现装置绕Z轴的转动;并联补偿机械臂包括第一节机械臂、两个机械臂直线驱动分支和上平台,与可补偿升降平台共同实现整个装置的六自由度波浪补偿功能。串联机械臂包括四节结构相同的机械臂和末端执行装置,第二节机械臂通过连杆机构与第一节机械臂相连,其余三节机械臂和末端执行装置采用相同结构依次连接。本发明中的一种六自由度波浪补偿的船用超长机械臂工作空间大,稳定性好,可补偿波浪等环境因素对机械臂的影响。