本发明公开了一种共轴双旋翼与磁驱扑翼耦合的微型飞行器及控制方法,其包括共轴双旋翼系统、传动系统、主机架、磁驱扑翼系统、起落架、微型电机、电池和控制板;共轴双旋翼系统用来提供飞行器需要的升力;传动系统将微型电机的动力转递给共轴双旋翼系统;磁驱扑翼系统通过电磁线圈通交流电产生转角,驱动扑翼扑动一定的角度,进而为整个飞行器提供转向力和前进力。本发明取消了原共轴双旋翼系统的复杂变距机构,使得控制简化,引入了磁驱扑翼系统来实现微飞行器的转向和前进功能,改变了之前仅由扑翼产生升力的方式,使用扑翼来产生推力和转向扭矩,使用了起落架装置,实现了飞行器的稳定起降,采用复合式布局,更有利于飞行器的微型化。