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本发明公开了一种光子晶体微腔与光波导侧向耦合的阵列传感结构，所述阵列传感结构基于空气孔呈三角晶格的二维光子晶体结构进行设计的，所述二维光子晶体结构为圆形空气柱在硅板上呈三角形晶格进行周期排列而形成的二维光子晶体硅平板结构，通过移除中间一行的空气孔形成光子晶体线型波导W1，在W1波导两侧各引入三个光子晶体微腔，每个光子晶体微腔包括聚集呈边长小于晶格常数a的等边三角形排列的三个空气孔，并在垂直于三角形边长的垂线方向各放置一个小空气孔作为功能孔，所述功能孔半径r2小于空气孔半径R，本发明通过分析计算得到每个光子晶体微腔的品质因子Q和灵敏度S都分别超过1×104和120nm/RUI。