本发明涉及一种用于层状地基土层界面动应力的传递系数确定方法及系统。方法包括根据未施加动力扰动源荷载的界面层和软土层的密度、波速,基于能量守恒方程确定硬壳层、软土层的初始波阻抗之比;根据施加动力扰动源荷载的界面层的密度、波速,基于能量守恒方程确定界面层、软土层的波阻抗之比;根据初始波阻抗之比和波阻抗之比确定一界面动应力传递系数;根据界面层的厚度、能量吸收系数和振动频率确定一界面动应力传递系数;根据硬壳层的厚度和能量吸收系数、软土层的能量吸收系数、振动频率确定一界面动应力传递系数;根据上述三个界面动应力传递系数确定界面动应力传递系数。本发明能够提高传递系数确定的准确性,进而提高动力响应的可靠性。