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本发明公开了一种新能源制氢变换器优化控制方法，属于制氢变换器控制领域，包括如下步骤：S1、检测制氢Cuk变换器的采样信号；S2、通过ADC模块将采样信号转换为数字信号；S3、根据数字信号建立Cuk变换器的数学模型；S4、根据数学模型进行扰动估计；S5、根据扰动设计分数阶滑模面并求得控制律；S6、使用改进的JAVA算法得到控制律参数；S7、根据控制律得到占空比以控制开关的导通及关断。本发明能够在保证制氢变换器低纹波的基础上，实现制氢变换器精准控制，实现了制氢变换器的快速响应及高效稳定运行。