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本发明涉及一种波浪能转换装置的控制方法及系统。所述方法，包括：获取当前时刻的基础参量；基于所述当前时刻的基础参量构建速度矩阵和位置矩阵；根据所述速度矩阵和所述位置矩阵构建切换约束模型，所述切换约束模型的约束条件由当前时刻的浮标位置确定；对所述切换约束模型进行最优解求解得到当前时刻的控制力；所述控制力用于对当前时刻的波浪能转换装置进行控制。本发明能够保持装置在海洋环境中安全运行，降低被破坏的风险并且提高能量的转换效率。