本发明公开一种波浪能转换装置的最大能量输出控制方法及系统,方法包括:通过模型预测设定时间段内各个时刻浮子在垂直方向上的速度和坐标位置,得到速度序列和坐标位置序列;基于速度和坐标位置序列求解目标函数,得到控制序列;实时计算控制序列中各控制力的补偿值;保存控制序列中前nl个控制力,依次将对应的补偿值分别加到前nl个控制力上,得到补偿后的前nl个控制力,并依次按补偿后的前nl个控制力控制装置,直至达到设定时刻;将设定时刻的装置和波浪状态输入模型中,预测nl控制力后设定时间段内各个时刻浮子在垂直方向上的速度和坐标位置,更新速度和坐标位置序列。本发明能够提高控制精度,降低应用对处理器的计算负担。