本发明公开了一种基于丘脑皮层模型的麻醉深度估计方法,属于脑电计算模型领域,包括:定义一个六维向量来存放丘脑皮层模型的状态变量;通过构建观测方程来体现状态变量在某一时刻的观测值;定义一个增广向量,用于存放每次迭代时状态变量和参数变量的估计值;增广向量做非线性变换得到的数据代入丘脑皮层模型中;将经过丘脑皮层模型运算输出的数据代入观测方程中计算每个列向量对应的模型输出,对每个输出值进行加权求和得到模型的预测值;模型的预测值中包含的参数变量Tcs被定义为丘脑皮质状态;使用Tcs评估麻醉深度。本发明能够对麻醉期间的大脑状态进行生理学上更具体的分析,解决了传统麻醉深度监测方法对不同麻醉药物无法监测的问题。