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本发明提供了脑卒中运动功能评价模型建立方法、评价方法及系统，通过对体现脑电和肌电信号的神经肌肉系统功能状态进行采集，将采集的脑电信号和肌电信号进行多层次脑肌电耦合特征提取，并对多个神经肌肉耦合指标筛选，构建可视化运动功能评价模型；利用该可视化运动功能评价模型，进而得出可视化运动功能评估结果。本发明与现有技术相比，从多个方面进行了生理信号的采集，从病理机制和多信息融合角度对脑卒中患者运动功能状态进行客观全面的数字评估，使得到的数据更科学准确。