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本发明公开了一种将鲤鱼磁共振扫描坐标转换为脑立体定位坐标的方法，属于神经科学领域。本发明首先建立鲤鱼颅脑三维立体定位坐标系和颅骨表面的辅助三维坐标系；两个坐标系具有相同的坐标原点O和X轴，两坐标系中的Y轴与Z轴之间夹角均为θ；然后对颅脑进行磁共振扫描成像，确定脑电极植入位点在辅助坐标系中的坐标值；最后利用夹角θ构建算法，将磁共振扫描坐标转换为脑立体定位坐标，即可为脑电极的植入进行定位和导航。本发明不仅能够为鲤鱼水生动物机器人脑电极的植入进行定位和导航，而且也能够为多种生物脑电极的植入提供一种新的定位和导航方法。