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本发明涉及医疗图像处理技术领域，具体涉及一种基于3D CNN和迭代搜索的CT影像器官定位方法，包括以下步骤：提取所有目标器官确定对应所述目标器官在目标CT影像中的位置；基于所述目标器官，进行分距离多密度块采样；设置损失函数，结合所述训练网络模型进行迭代搜索，得到各类器官定位信息。本发明只需要单个网络即可实现对全部器官进行3D bounding box预测，灵活且容易复现。同时，可以忽略体积的影响，对任意大小的原始CT图像进行准确预测，并取得准确地定位结果，在算法性能上得到很大提升。