本发明公开一种透射电镜高分辨原子图像中矢量的标定方法及系统。该方法包括：获取从待分析材料的晶体方向采用透射电镜拍摄的高分辨原子图像；在高分辨原子图像中标记待分析材料的单晶胞和超晶胞；以同一原子作为起始点，将单晶胞和超晶胞叠加，得到叠加后的图像；确定晶向坐标系的横向坐标轴和纵向坐标轴；确定晶向坐标系的刻度点，得到标定后的晶向坐标系；将高分辨原子图像中待标定的矢量平移至标定后的晶向坐标系；根据待标定的矢量在标定后的晶向坐标系中横向坐标轴和纵向坐标轴的分量，获得待标定的矢量的晶向值。本发明操作过程简单易行，可快速测量出透射电镜高分辨原子像上的矢量值，且可测量高分辨原子像上任意矢量的晶向值。
