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本发明公开了一种基于三维自适应分区算法的脑功能有向连接评估方法，所述方法包括以下步骤：步骤S1：连续时间序列离散化；步骤S2：构建联合分布空间；步骤S3：使用三维自适应分区算法将整个分布空间划分成许多内部近似均匀分布的子区域；步骤S4：计算联合概率质量函数；步骤S5：计算传递熵。该方法极大减少了传统离散传递熵由于维度灾难导致的计算结果失真问题，能够更准确更稳健地评估脑区间的有向连接，尤其是对样本量较小的神经信号。