本申请提供一种经颅脑刺激多通道数据采集系统及方法，包括经颅超声信号发生模块、经颅超声刺激模块、多通道脑电信号采集模块、蓝牙通信模块、及电极模块；经颅超声信号发生模块用于生成所需要的刺激信号，将刺激信号发送至经颅超声刺激模块；经颅超声刺激模块用于根据刺激信号向实验对象发射超声刺激；电极模块用于采集实验对象的脑电信号；多通道脑电信号采集模块用于采集多处电极模块的信号；蓝牙通信模块用于传输采集数据；本申请的有益效果是：通过数据无线传输使动物在超声刺激实验中保持自由活动状态并且通过多通道数据融合使得采集的数据噪声达到最低。
