一种用于肿瘤治疗的微生物复合载药系统及其制备方法和应用，属于生物药物技术领域。本发明微生物复合载药系统包括活体微生物和光热剂。所述光热剂吸附在所述活体微生物的表面细胞壁微纤维网络中，所述活体微生物包括蛋白核小球藻，所述光热剂包括吲哚菁绿。本发明微生物纳米药物具有光解水性能，在分解水的同时使TIFP降低，提高药物在瘤内的渗透，在光热治疗、光动力治疗和饥饿治疗联合作用下取得了很好的抗肿瘤效果。本发明微生物复合载药系统既能通过小球藻来实现靶向递送的功能，它是一种低氧靶向微生物，能够靶向肿瘤组织；又能够通过小球藻和光热剂吲哚菁绿协同作用实现对肿瘤的治疗。
