本发明涉及一种复杂点阵结构内部缺陷的三维分割方法及系统。该方法包括：获取构件的多张断层图像；构件为复杂点阵结构；对于第k张断层图像，采用集合灰度均值法对断层图像的缺陷进行识别，得到标记缺陷的缺陷图；缺陷图中采用标记矩形框标记缺陷；根据缺陷图中标记矩形框的位置坐标，对缺陷图中标记矩形框的图像进行二值化分割，得到第k张断层图像对应的二维序列图像；二维序列图像中包含分割后的缺陷；采用体绘制方法，按照所有断层图像的顺序对所有断层图像对应的二维序列图像进行三维重构，得到包括所有缺陷的三维分割图像。本发明可以实现对复杂点阵结构内部的未熔合缺陷进行三维分割，提高分割的准确度。
